Install and test bowtie and tophat

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Install and test bowtie and tophat

注意 /abs_path/filename 表示存放 filename 文件的绝对路径。

下载可执行程序：

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# 查看系统的版本
$ uname -a
*x86_64*

# 下载
$ wget http://vorboss.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.2.5/bowtie2-2.2.5-linux-x86_64.zip
$ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz

修改环境变量

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$ vi ~/.bash_profile

# 添加下面一行
export PATH=/abs_path/tophat-2.1.0.Linux_x86_64:/abs_path/bowtie2-2.2.5:$PATH

# 环境变量生效
$ source ~/.bash_profile

chmod 755 tophat
chmod 755 bowtie2
# 注意，所有的可执行程序，都要改为 755。否则，可能会导致 PBS 无法找到该文件

下载测试用数据，用 bowtie2 做 index，测试 tophat:

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$ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/test_data.zip
$ unzip test_data.zip
$ cd test_data
$ bowtie2-build /abs_path/test_ref.fa /abs_path/test_ref
$ tophat /abs_path/test_ref test_reads.fq

Reference

Software